Con System Center 2012 R2 facoltativo Windows Server 2012 R2 fornisce una vasta gamma di funzionalità rinnovate e avanzate che vanno dalla virtualizzazione server, all'archiviazione, alla rete definita tramite software, alla gestione e all'automazione di server, alle piattaforme Web e applicative, alla protezione degli accessi e delle informazioni, all'infrastruttura VDI (Virtual Desktop Infrastructure) e altro.